ต้นชะอม เป็นไม้พุ่มที่มีขนาดย่อม เป็นพืชยื่นต้นมีอายุหลายปี มีลำต้นเดี่ยว ลำต้นมีลักษณะกลมๆ ลำต้นและกิ่งก้านจะมีหนามแหลม ลำต้นแข็งและเหนียว มีลำต้นสีเขียว หรือสีเขียวปนน้ำตาล ลำต้นมีความสูงประมาณ 1 ม. ควรจะทำการตัดแต่งกิ่ง เพื่อให้ชะอมออกยอดไม่สูงเกินไป จะได้สะดวกในการเก็บยอด ใบชะอม ใบมีลักษณะคล้ายกับใบส้มป่อย หรือใบกระถิน คล้ายรูปรี ปลายใบแหลม ขอบใบเรียบ มีสีเขียวขนาดเล็ก มีก้านใบย่อยแตกออกจากแกนกลางใบ ใบย่อยมีขนาดเล็ก ออกตรงข้ามกัน ใบย่อยจะหุบในเวลาเย็น และแผ่ออกเพื่อรับแสงตอนกลางวัน ใบอ่อนหรือส่วนยอดของใบจะมีกลิ่นฉุน จะมีกลิ่นเฉพาะตัว สามารถนำมารับประทานได้ รากชะอม เป็นระบบรากแก้ว รากมีลักษณะกลมๆ จะมีรากฝอยเล็กๆ รอบๆ จะมีสีน้ำตาล มีกลิ่นเฉพาะตัว ดอกชะอม ดอกเป็นช่อออกตามซอกใบ มีขนาดเล็ก กลีบดอกจะมีสีขาวถึงขาวนวล ก้านช่อดอกจะสั้น แตกกิ่งช่อดอกตรงปลาย ผลชะอม มีลักษณะคล้ายฝักกระถิน แต่มีขนาดเล็กกว่าฝักกระถิน ลักษณะฝักจะมีขนาดเล็กแบนยาว เมื่อฝักอ่อนมีสีเขียว เมื่อฝักแก่จะมีสีน้ำตาล ภายในจะมีหลายเมล็ดในฝักแบนยาว ผักชะอมมีรสมัน เมล็ดชะอม จะอยู่ภายในฝัก จะมีหลายเมล็ดอยู่ในฝักแบนยาวภายใน เมล็ดมีลักษณะยาวรี ผิวเรียบ เมื่อเมล็ดดิบมีสีเขียวเข้ม เมื่อเมล็ดสุกจะค่อยๆ เปลี่ยนเป็นสีน้ำตาลเข้ม